খ্রি. পূ. ১৭০০ অব্দ নাগাদ হরপ্পা ও মহেঞ্জোদড়ো নগর দুটি সম্পূর্ণ ভাবে পরিত্যক্ত হয়। এই সভ্যতার পতনের জন্য বিভিন্ন পণ্ডিত বিভিন্ন কারণকে দায়ী করেছেন। নিচে সেগুলি দেখানো হলো–
সিন্ধু সভ্যতার পতনের বিভিন্ন কারণ
| Mortimer | আর্যদের আক্রমন |
| E J H Mackay, Lambrick, John Marshall | সিন্ধু নদের বন্যা |
| B K Thapar, Rafique Mughal | বৃক্ষছেদন, হিমালয়ের পাদদেশে অত্যাধিক পশুচারণের ফলে ভূমিক্ষয়, জলবায়ুর পরিবর্তন |
| Vishnu Mittre + Fairservice | নদীগুলি ভরাট হয়ে যাওয়া, জমিতে লবণের মাত্রা বৃদ্ধি, অত্যধিক বৃক্ষছেদন |